95% tworzących gęstą sieć rzek rumuńskich należy do zlewni Dunaju. Dunaj ma w granicach Rumunii ponad 1110 km (łącznie z deltą), co stanowi przeszło 1/3 jego ogólnej długości. Od swego największego przełomu – Żelaznej Bramy (Porţile de Fier), płynie szerokim korytem na wschód, wyznaczając przebieg granicy z Serbią i Bułgarią. Koło Calaraşi skręca na północ i rozdziela się na dwa nurty, między którymi rozciągają się bezludne obszary bagienne, zwane baltami. Po minięciu miasta Gałacz płynie na wschód jako rzeka graniczna między Rumunią a Ukrainą. Przy ujściu do Morza Czarnego tworzy rozległą zabagnioną deltę, dzieląc się na trzy główne ramiona noszące nazwy: Kilia, Sulina i Święty Jerzy. Delta Dunaju (Delta Dunarii) ma powierzchnię ok. 5600 km2 (na Rumunię przypada 4300 km2, a na Ukrainę – 1300 km2).
Najdłuższymi dopływami Dunaju na terytorium Rumunii są: Aluta, Muresz, Prut (rzeka graniczna między Rumunią a Mołdową), Seret (Siret), Jałomica (Ialomiţa), Samosz i Ardżesz (Argeş). Większość rumuńskich rzek wypływa z Karpat, nierzadko tworząc malownicze przełomy, takie jak Przełom Czerwonej Wieży (Turnu Roşu) na Alucie.
Jeziora w Rumunii (ponad 2300) są raczej nieduże: ich łączny obszar wynosi przeszło 2600 km2. Największą powierzchnię ma liman Razim (415 km2), oddzielony od Morza Czarnego wąską piaszczystą mierzeją. Wiele jezior znajduje się na terenach górskich, na wysokości ponad 1500 m.